Architektura kościoła jest skromna, ale ołtarz główny wspaniały, pomyślany pod względem kompozycji przestrzennnej, która dzięki ażurowej konstrukcji uzyskuje piękne światłocienie. Ołtarz składa się z dwóch części:
- przedniej z mensą, tabernakulum oraz bramkami po bokach, stojąca pod łukiem tęczy oddzielającej nawę główną od chóru zakonnego, oraz części przyściennej wieńczącej zaplecki stalli zakonnych obiegających chór. Ołtarz wykonano w latach 1770-1775. Dokonał tego lwowski architekt i rzeźbiarz Maciej Polejowski. Jest praktykowane, że centralnym punktem każdego ołtarza jest obraz lub rzeźba, przedstawiająca osobę patrona, któremu jest ołtarz poświęcony. Autor odstąpił od tego i obraz Matki Boskiej umieścił w przyściennej części kompozycji, w wyższej jego partii.
Pierwsza część ołtarza jest bogato ustrojona złocistymi kolumienkami wokół tabernakulum, lustrami powielającymi blask świec, pyzatymi aniołkami na złocistych chmurkach. Kolumny otaczające ołtarz podtrzymują profilowane, półkoliste, bogate belkowanie przerwane w środkowej części, by wierni już od wejścia mogli widzieć cudowny obraz. Na belkowaniu umieścił autor wazony płomieniste, konsole w kształcie wygiętej fali i rzeźby dwóch serafinów. Ich postacie zwrócone są na cudowny obraz. Tanecznym skrętem ciała i wyrazem twarzyczek adorują go. Między kolumnami przezrocza rzeźbiarz ustawił dwie postacie świętych franciszkańskich: św. Bonawenturę i św. Piotra z Alkandry. Św. Bonawentura, myśliciel i filozof, w lewej ręce trzyma księgę, a prawą odchyla gestem retorycznej wymowy. Chociaż nie patrzy na obraz, jego adoracja przejawia się wewnętrznym skupieniem. Św. Piotr z Alkandry jest także pełen godności i skupienia.
- druga przyścienna cześć ołtarza jest bogato wystrojona. Ponad centralnym obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem widnieje w szczycie rzeźba Trójcy Św., a jej postacie wychylają się z ram ku przodowi, by móc spojrzeć w dół. Dwaj aniołowie po obu stronach wymownymi gestami wyrażają swe uwielbienie Bogurodzicy. Nieznany jest autor obrazu i czas, kiedy został umieszczony w centrum ołtarza. Wiadomo jednak, że już w XVII w wieku w kronice konwentu opatowskiego bernardynów zwany był obrazem Matki Boskiej Pocieszenia i od tego czasu rozwijał się jego kult. W latach ubiegłych, cały ołtarz, wraz ze wszystkimi detalami przemalowywany był wielokrotnie. Podczas ostaneiego remontu w latach 1975-77 odkryto kilka warstw farb pokrywających obiekt. Ostatnia z nich była koloru niebieskawego z bogatym żyłkowaniem i ona nadawała ton wystrojowi. W czasie prac konserwatorskich odkryto liczne złocenia, które następnie przywrócono.
